Архиепископ Нижегородский и Арзамасский Иоанникий, впоследствии Высокопреосвященнейший митрополит Московский и Коломенский, член Святейшего Синода, председательствующий Московской Синодальной конторы, председатель Православного Миссионерского общества в Москве, Почетный член Санкт-Петербургской и Киевской духовных академий, член общества восстановления православия на Кавказе, родился в Тульской губернии, в семье сельского дьякона. При крещении наречен был Иваном. Обучался с 1840 по 1845 год в Тульской духовной семинарии и далее, по 1849 год, — в Киевской духовной академии, окончив курс наук с причислением к первому разряду воспитанников.
11 октября 1849 года, согласно собственному прошению, был пострижен в монашество, с наречением имени Иоанникий; определен учителем Священного Писания в Киевскую духовную академию. С 1850 по 1853 год исполнял должность помощника инспектора академии, преподавал обличительное богословие. В 1851 году перемещен с класса Священного Писания на класс богословских наук, за свои труды награжден набедренником.
В 1851 году Иоанникий был возведен на степень магистра и переименован в бакалавра академии. 6 ноября того же года «за отличное благонравие и ревность в исполнении своих обязанностей» возведен в звание соборного иеромонаха Киево-Печерской Лавры. 1 февраля 1852 года получил магистерский крест. В 1852-1853 гг. исполнял должность инспектора Киевской духовной академии и заслужил архипастырское благословение и признательность. В сентябре 1853 года определен членом внутреннего Правления академии. 25 сентября того же года объявлено ему благословение Святейшего Синода «за усердные и полезные труды».
В награду за отличную службу возведен 21 декабря 1854 года в сан архимандрита с присвоением ему лично степени настоятеля третьеклассного монастыря. 9 июля 1856 года Святейшим Синодом определен инспектором в Киевскую академию и экстраординарным профессором богословских наук. Также по поручению Святейшего Синода обозревал Полтавскую и Екатеринославскую семинарии. В 1858 году исправлял должность настоятеля первоклассного Богоявленского монастыря, а с 7 апреля по 29 июля того же года — должность ректора академии и профессора богословских наук. 14 апреля, по представлению Святейшего Синода об отличной службе, сопричислен к ордену св. Анны 2-й степени.
6 октября 1858 года определением Святейшего Синода Иоанникий перемещен на должность ректора и профессора богословских наук в Киевскую духовную семинарию и стал настоятелем Киево-Пустынcкого Николаевского второклассного монастыря. 1 ноября утвержден членом Киевской духовной консистории.
30 марта 1859 года он назначен благочинным монастырей Киевской епархии. В том же 1859 году, по поручению Святейшего Синода, обозревал Воронежскую и Орловскую духовные семинарии. 4 декабря 1859 года указом Святейшего Синода назначен ректором и профессором богословских наук в Киевскую духовную академию и настоятелем первоклассного Богоявленского монастыря.
6 октября 1860 года определением Святейшего Синода Иоанникий перемещен на должность ректора Санкт-Петербургской духовной академии с оставлением за ним лично степени настоятеля первоклассного монастыря. 4 декабря того же года он определен главным блюстителем за преподаванием Закона Божия во всех учебных заведениях столицы и ее окрестностей. 20 декабря утвержден членом Санкт-Петербургской духовной консистории. 29 апреля 1861 года Всемилостивейше пожалованы ему знаки ордена св. Анны 2-й степени, украшенные Императорской короной.
6 мая 1861 года именным Высочайшим указом Иоанникий назначен на вакансию епископа Выборгского, второго викария Санкт-Петербургской епархии. 12 июня хиротонисан в епископа в Санкт-Петербурге. В июне 1862 года поручено ему обозрение Смоленской и Полоцкой семинарий. 31 марта 1863 года он сопричислен к ордену св. Владимира 3-й степени. С 12 января 1864 года именным Высочайшим указом, данным Святейшему Синоду, повелено ему быть епископом Саратовским и Царицынским. 17 марта 1866 года Иоанникий сопричислен к ордену св. Анны 1-й степени: «за благоразумную деятельность по управлению вверенною епархией и заботливость о местных духовно-учебных учреждениях». 17 сентября 1869 года он, с Высочайшего соизволения, назначен членом Общества восстановления Православия на Кавказе.
13 июня 1873 года Преосвященный Иоанникий утвержден епископом Нижегородским и Арзамасским. 31 марта 1874 года сопричислен к ордену св. равноапостольного князя Владимира 2-й степени большого Креста — «за просвещенную пастырскую деятельность, неусыпные заботы о мерах к вразумлению и возвращению в недра Святой Церкви заблудших чад ее и отеческую попечительность в открытии способов призрения и воспитания сирых детей духовенства».
Много трудов положил Владыка Иоанникий в Нижегородской епархии именно на ниве просвещения и попечительства. В 1875 году он, например, учредил две именные стипендии в Нижегородском епархиальном женском училище, за что получил благодарность от Его Императорского Величества. В том же году общим Собранием Российского Общества покровительства животных избран Почетным членом. 10 апреля 1876 года получил Высочайшую от Его Императорского Величества благодарность за пожертвованную им сумму (7700 рублей) в пользу Нижегородского епархиального детского приюта.
Особое место Иоанникию, архиепископу Нижегородском уделено в летописи Выксунского Иверского женского монастыря. По приглашению иеромонаха Варнавы (Меркулова) 143 года назад 12-13 июня 1877 архиепископ Иоанникий прибывет из Нижнего Новгорода в Выксу. Целью визита нижегородского святителя стало освящение первого Иверского соборного храма женского обители. Это событие запомнилось выксунцам, которые отроду не видели архиерея и не принимали участие в архиерейской службе. В летописи Выксунского Иверского женского монастыря имеются исторические свидетельства, описывающие события 13 июня 1877 года, связанные с освящением Иверского соборного храма: «Освящение Иверского соборного храма совершено было в 1877 году 12 и 13 июня Преосвященнейшим Иоанникием, архиепископом Нижегородским, при участии благочинного монастырей архимандрита Лаврентия, строителя обители отца Варнавы и прочего духовенства. Небывалое никогда до этого времени в здешнем крае торжественное и величественное совершение архиереем богослужений в продолжение двух дней, благоговейный вид самого Владыки, благообразие его священнодействий, его горячее воодушевление при произнесении молитв, стройное пение архиерейских певчих, – все это производило на все сильное, глубокое, неизгладимое впечатление. Особенно приятно было это благотворителям обители, которые в то время почти все без исключения были в обители, участвуя в ея духовном торжестве. Да и нельзя никогда забыть этих дней светлой духовной радости. Велика была радость и сестер обители при виде этого торжества. Бывшия свидетельницами ея первоначального убогого и бедственного существования, ныне удостоились видеть такое торжество и благоустройство ея, о каких они никогда и не помышляли. А кто в силах выразить словами то восторженное состояния духа главного виновника как этого торжества, так и самого возникновения и быстрого процветания обители, досточтимейшего старца отца Варнавы! Отец Варнава, исполняя возложенный на него старческий завета, не жалел, как не жалеет и поныне, сил, неусыпнозаботясь о процветании и совершенствовании основанной им обители. Кто опишет беспредельную его благодарность к Царице Небесной за Ея великую милость и особенное покровительство ему, скорую благодатную помощь во всех трудных обстоятельствах, пережитых им вместе с этою, ныне ликующею, обителью! Более же всего внешнего благоустройства радовало его внутреннее благоустроение обители, всеобщий мир и любовь, какие царили между всеми насельницами обители».
14 февраля 1877 года Советом С.-Петербургской духовной академии Преосвященному Иоанникию присвоено звание Почетного члена академии. 27 марта 1877 года именным Высочайшим указом, данным Святейшему Синоду, он возведен в сан архиепископа, 8 декабря повелено ему быть архиепископом Карталинским и Кахетинским со званием Экзарха Грузии и Члена Святейшего Синода.
8 декабря 1879 года за пожертвование на содержание сирот в Епархиальном женском училище Преосвященнейшему Иоанникию объявлена Высочайшая благодарность. 30 августа 1881 года он сопричислен к ордену св. Александра Невского за неутомимо ревностное архипастырское служение и заботу об устроении и духовном просвещении вверенной ему паствы. 11 июня 1882 года Иоанникий избран единогласно Советом Киевской духовной академии в Почетные члены этой академии — за труды продолжительного служения на поприще духовного образования и церковного управления в разных епархиях.
27 июня 1882 года именным Высочайшим указом, данным Святейшему Синоду, Всемилостивейше повелено ему быть митрополитом Московским и Коломенским, священноархимандритом Свято-Троицкой Сергиевой Лавры. 7 октября того же года он утвержден в звании Председателя Православного Миссионерского общества. 7 ноября Всемилостивейше разрешено ему принять и носить по установлению пожалованный Его Высочеством Николаем, князем Черногорским, орден князя Даниила 1-й степени.
Сохранил свой след владыка Иоанникий и в русской церковной истории. Известно, что в мае 1883 года возглавил совершение чина священного коронования Александра III, а позже в том же месяце — освящение завершённого строительством Храма Христа Спасителя в Москве.
15 мая 1883 года Иоанникию пожалованы бриллиантовые знаки св. благоверного князя Александра Невского. 31 октября 1885 года он Высочайше утвержден в звании Почетного члена Московской Александровской общины сестер милосердия «Утоли мои печали» и, во внимание к особым заслугам на пользу Церкви на святительской кафедре первопрестольной Москвы, Всемилостивейше сопричислен к ордену св. Владимира 1-й степени.
По своему нраву владыка Иоанникий был аскетом. В нем сочетались строгость жизни и нелицемерное поведение. Обер-прокурор Святейшего Синода К. П. Победоносцев в своём письме императору Александру III от 15 октября 1891 года, в связи с вопросом о замещении вакантной Киевской кафедры писал: «Московский митрополит Иоанникий, человек безупречный в нравственном отношении, по характеру своему не пришёлся по Москве. Он сух и необщителен, а Москва имеет свои особенности: там любят ласковое обращение и приветливость. Его не полюбили в Москве, и, кажется сам он это чувствует. В Киеве положение его было бы удобнее и свойственнее его природе.»
17 ноября 1891 года Святейшим Синодом повелено ему стать митрополитом Киевским и Галицким и священноархимандритом Киево-Печерской Лавры. В 1895 году митрополит Иоанникий за ревностное служение, подвиги на благо Церкви и Отечества, твердость в управлении епархиями, живое и деятельное участие в делах высшего церковного управления сопричислен к Императорскому ордену св. апостола Андрея Первозванного. 14 мая 1896 года Высочайше пожалован митрополиту Иоанникию бриллиантовый крест на митру. 25 декабря 1898 года Высочайшим рескриптом он назначен первенствующим членом Святейшего Синода и 7 ноября 1899 года, также при Высочайшем рескрипте, пожалован бриллиантовым знаком ордена св. Андрея Первозванного.
Сохранились воспоминания современника о последних днях Преосвященного Иоанникия. В 1900 году, возвратившись из С.-Петербурга ранней весною, Преосвященный Иоанникий, несмотря на тяжкие труды по заседаниям в Святейшем Синоде, выглядел бодрым и здоровым и в совершенном здравии переехал на летнее местожительство в Голосеевскую пустынь. Но 31 мая 1900 года Владыка после отдыха на открытой террасе, к вечеру почувствовал озноб. Врач Янченко, посещавший Преосвященного, констатировал простудное заболевание. Однако, несмотря на принятые меры, болезнь быстро усиливалась и вскоре осложнилась воспалением дыхательных путей. В ночь с 3 на 4 июня наступило заметное ухудшение, и Владыка причастился Святых Христовых Таин из рук своего духовника иеромонаха Алексия. Положение его быстро ухудшалось и наконец стало безнадежным. Вызванный епископ Сергий (Уманский) совершил над умирающим таинство елеосвящения. К вечеру опять последовало ухудшение в состоянии больного Владыки. 8 июня он вновь приобщился Святых Таин, и вскоре сознание совершенно оставило его. Когда духовник стал читать «Отходную», умирающий Владыка лежал тихо и безмолвно. Присутствующие при последних минутах его жизни викарии, наместник Лавры, врачи и домашние преклонили колена, духовник закрыл глаза почившему, и удар колокола возвестил братии пустыни о скорбном часе. На 9 июня назначено было перенесение тела усопшего Владыки из Голосеевской пустыни в Киево-Печерскую Лавру. Из церкви гроб был вынесен присутствующими иеромонахами и архимандритами. Процессия приблизилась к Святым вратам Лавры, и там вновь была отслужена лития.
Митрополит Московский и Коломенский Владимир, прибывший в Киев, был специально назначен Святейшим Синодом для совершения погребения почившего иерарха. 11 июня 1900 года состоялось торжественное погребение тела митрополита Иоанникия. После заупокойной Божественной литургии было совершено отпевание, и гроб понесен на руках в Крестовоздвиженскую церковь в ближних пещерах, где и был опущен в изготовленную могилу и затем вдвинут в нишу под капитальной стеной церкви. Митрополит Иоанникий был погребен рядом с Киевскими святителями Филаретом и Филофеем.
