Собор был установлен указом патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 22 июля 2002 года по ходатайству руководства Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата. Согласно указу была написана и икона «Собор Святых земли Эстонской», которая находится в Таллиннском Александро-Невском кафедральном соборе. Были составлены литургические тексты, в том числе канон, в котором упоминаются имена 17 угодников Божиих.
