Мученик Иоанн родился 17 января 1867 года в городе Вязьме Смоленской губернии в семье священника Воскресенской церкви города Вязьмы Василия Михайловича Попова и его супруги Веры Ивановны. 19 января он был крещен в Спасо-Преображенской церкви города Вязьмы своим дедом, протоиереем Михаилом Поповым. В 1888 году Иван Васильевич окончил Смоленскую Духовную семинарию, в 1892-м — Московскую Духовную академию и был оставлен на год для приготовления на вакантную преподавательскую должность[1]. В 1893 году он был назначен временно исполняющим должность доцента по кафедре патристики. Первую пробную лекцию он прочел о Тертуллиане[2]. В 1897 году Иван Васильевич защитил магистерскую диссертацию «Естественный нравственный закон. (Психологические основы нравственности)», в которой разбиралось происхождение и обоснование нравственности как с философской, так и с богословской точек зрения, и был утвержден в должности доцента академии. В 1898 году Иван Васильевич был назначен экстраординарным профессором по кафедре патристики. В 1899 году он опубликовал библиографические заметки на богословские статьи, появившиеся в это время за рубежом, под названием «Библиография. Новости иностранной литературы по патрологии», а в 1901 году в «Богословском вестнике» поместил статью «Обзор русских журналов. Древнецерковная жизнь и ее деятельность в текущей духовной журналистике», где им были проанализированы практически все вышедшие в то время работы на эту тему.
В 1901-1902 годах Иван Васильевич был направлен за границу для прослушивания лекций по богословию в Берлине и Мюнхене, откуда он писал своему давнишнему другу доценту Духовной академии Сергею Ивановичу Смирнову: «Целый месяц уже слушаю лекции в университете и участвую в практических занятиях по разным предметам. Все профессора произносят здесь свои лекции без тетрадки… Говорили они, очевидно, без предварительного заучивания, потому что при многочисленности лекций у них не могло бы хватить на это времени, и чувствуют себя на кафедре совершенно свободно. Что касается содержания лекций, то мне особенно нравится их сжатость: нет никаких отступлений и излишних подробностей…
Профессоров на богословском факультете не много, и каждый читает самые разнообразные предметы… Я удивляюсь, каким образом у них хватает времени, чтобы изучить все эти разнообразные предметы. Мы кое-как успеваем овладеть только частью одного предмета. Это повергает в уныние.