Митрополит Агафангел (в миру Александр Лаврентьевич Преображенский) родился 27 сентября 1854 года в селе Мочилы Веневского уезда Тульской губернии в семье священника. Воспитанный родителями в послушании вере Христовой и строгом исполнении церковных обрядов, он высоко ставил служение святой Церкви в священном сане. Ребенком он любил подолгу бывать на кладбище, гулять среди могил и крестов – красноречивых свидетельств, что вся персть, вся пепел, вся сень. Здесь со слезами на глазах Александр просил Господа, чтобы Он сподобил его во время благопотребно стать служителем алтаря и приносить умилостивительную бескровную жертву за окончивших земную жизнь. Это желание было так велико, что когда по окончании училища представилась возможность поступить в привилегированное столичное учебное заведение, он ее решительно отверг. Близкие советовали не отказываться от случая получить серьезное светское образование, которое откроет ему широкие возможности в жизни. Увидев бездейственность советов, родные попытались принудить его согласиться с ними и оставить мысли о получении духовного образования, но все было напрасно. Чувствуя непреодолимую тягу к церковному служению, Александр со свойственными его характеру решимостью и настойчивостью настоял на продолжении образования в Тульской Духовной семинарии, в которую он и поступил в 1871 году.
В те годы семинарское образование в России пребывало в плачевном состоянии, в стены духовных учебных заведений беспрепятственно проникали материалистические и бездуховные науки. Под видом новых научных открытий начинали открыто утверждаться в области научных знаний социальные и естественно-научные мифы. Идеал служения на духовном поприще среди образованного общества был почти утрачен, и общество пришло в состояние духовного окостенения. Становились модными и нравственно похвальными профессии, устрояющие земную жизнь – инженера, врача и т. п. Увлечение естественными науками образованного юношества не оставило в стороне и Александра и, в конце концов, пленило его ум и сердце. Горячее желание служить Церкви Христовой в священном сане за время учения охладело, и к концу обучения он решил оставить семинарию и поступить в светское учебное заведение, чтобы стать врачом.
Он начал готовиться к поступлению. И вдруг тяжело заболел. Болезнь продолжалась около года, и не только не было сил готовиться к вступительным экзаменам, но пришлось совсем отложить учебные занятия. Оправившись от болезни, Александр не оставил намерения стать врачом, но не замедлило явиться другое испытание – умер отец-священник, надо было заботиться об осиротевшей семье, и Александр согласился стать сельским пастырем на приходе отца. Однако Промысел Божий готовил ему иной путь. Как лучший ученик семинарии он получил направление в Московскую Духовную академию для продолжения богословского образования. Здесь, в обители преподобного Сергия, вернулось к нему первое юношеское желание стать священником. Но в сане ли иерея или священноинока – Александр не знал. И часто, с благоговением склоняясь перед мощами преподобного Сергия, он молился и вопрошал: не остаться ли навсегда в стенах обители? И внутренний таинственный голос ему отвечал: «Добро есть здесь быти, останься, останься здесь». Но, увы, не послушался он этого внутреннего голоса. Заманчивые предложения мира обольстили его, и он отказался от вступления на монашеский путь.
Блестяще окончив в 1881 году Духовную академию со степенью кандидата богословия, он был определен на должность преподавателя латинского языка в Раненбургское Духовное училище. 7 декабря 1882 года Александр Лаврентьевич был переведен на должность смотрителя Скопинского Духовного училища. Избрав образ жизни семейный, он женился, но здесь его постигло новое горе. После одиннадцатимесячной счастливой жизни он разом потерял и жену, и сына. И только тогда, убитый горем, снедаемый чувством горького сиротства и бесприютности, чувствуя себя как бы лишним на свете, выброшенным из жизни, он понял, что жизненный путь, избранный им, – не его путь; и он спросил себя: неужели же еще нужно усиливаться поймать летучие тени, гоняться за призраками обманчивых наслаждений? И вот блеснул забытый в суете жизни, заслоненный образами мира сего, но никогда не угасавший, благодатный свет Христов и осветил его думы, его чувства, страдание – и осветилось все: и душа, и жизнь. И преклонившись перед неисповедимою волею Божией, Александр на этот раз твердо решил оставить мир, взять свой крест и принять иночество.
7 марта 1885 года он принял постриг с именем Агафангел, а 10 марта рукоположен в сан иеромонаха; в следующем году он был назначен инспектором Томской Духовной семинарии с возведением в сан игумена, а в 1888 году – ректором Иркутской Духовной семинарии с возведением в сан архимандрита. По прибытии в Иркутскую семинарию о. Агафангел принялся за созидание соответствующего духовной школе доброго порядка. Самоотвержением и любовью к делу он снискал доверие и благорасположение как среди сослуживцев, так и среди воспитанников.