Священномученик Иоанн Стеблин-Каменский родился 26 октября 1887 года в Санкт-Петербурге. Отец его, Георгий Георгиевич Стеблин-Каменский, был директором канцелярии Морского Министерства, а в последние годы перед революцией – сенатором по департаментам геральдики и судебному Правительствующего Сената. Кроме того он был председателем Российского общества морского права. Дед Ивана, Георгий Павлович Стеблин-Каменский, в последние годы своей жизни был Виленским губернатором в чине тайного советника. В это время он приобрел имение Биюцишки в Виленском уезде, где прошло детство Ивана. Здесь в имении была погребена его мать, Ольга Александровна, дочь вице-адмирала Александра Павловича Жандра, умершая 17 августа 1902 года.
Первоначальное образование Иван получил дома. Ольга Александровна оказала огромное влияние на него и на двух его сестер, Ольгу и Елизавету, – это были благочестивые девицы строгой и праведной жизни; они умерли в 1981 году в городе Кашине Тверской области. C детства мальчик чувствовал тепло материнской любви и силу ее благословения. “Ты ведь мой?” – говорила мама, и это было для него самой дорогой лаской. Но она умерла рано, когда Ивану исполнилось четырнадцать лет. Глядя на мать и переживая ее потерю в день ее смерти, он чувствовал, как два понимания совершившегося захватывают его целиком: первое – это острая боль от безвозвратной потери того, что было самым ярким, самым теплым в золотые дни детства, и второе – что дальнейшая его жизнь без матери будет свидетельствовать о том, какое движение души она в нем развила. Ему тогда казалось, что каждый дурной поступок его последующей жизни явится оскорблением ее светлой памяти и нарушением обязательств по отношению к ней.
После смерти матери Иван окончил четыре класса гимназии и, в соответствии с семейной традицией, выбрал службу на флоте, поступив в Морской кадетский корпус, который окончил в 1908 году со званием корабельного гардемарина. При окончании Морского кадетского корпуса Иван Георгиевич был награжден премией имени адмирала Нахимова. В 1908 году он получил назначение на крейсер “Богатырь” и в 1908–1909 годах находился в заграничном плавании. В 1909 году он был произведен в мичмана, переведен в 1-й Балтийский флотский экипаж и назначен в дивизион испытывающихся миноносцев. В 1909–1910 годах Иван Георгиевич исполнял должность ротного командира на крейсере “Адмирал Макаров”. В 1911 году он был награжден итальянской серебряной медалью за оказание помощи пострадавшим во время бывшего в 1908 году землетрясения в Сицилии и Калабрии. В 1912 году Иван Георгиевич был произведен в лейтенанты. В 1914 и в 1915 годах он был награжден орденами Святого Станислава 3-й степени с мечами и бантом и Святой Анны 3-й степени с мечами и бантом. В июне 1917 года Иван Георгиевич уволился из флота по состоянию здоровья.