В миру Василий, родился 1 января 1848 г. в семье священника Никифора Богоявленского, впоследствии также принявшего мученическую кончину. С детства Василия отличали скромность и чистосердечность.
После Духовного училища и семинарии в Тамбове он в 1874 г. окончил Киевскую Духовную Академию со степенью кандидата богословия и получил назначение преподавателем в родную семинарию. 31 января 1882 г. Василий Никифорович Богоявленский был рукоположен во пресвитера в Покровской соборной церкви г. Козлова и вскоре назначен настоятелем Троицкого храма и благочинным городских церквей. С начала своего пастырского служения он в полноте проявил административные способности и стяжал любовь и уважения клира и мирян.
В трагической смерти жены и единственного ребенка молодой священник усмотрел Промысл Божий. Поступив в Тамбовский Казанский монастырь, он 8 февраля 1886 г. принял иноческий постриг с именем Владимир, на следующий день был возведен в сан архимандрита, назначен настоятелем Троицкого Козловского монастыря, а в октябре того же года – настоятелем Антониева монастыря в Новгороде Великом.
3 июня 1888 г. в Александро-Невской лавре архимандрит Владимир был рукоположен митрополитом Новгородским, Санкт-Петербургским и Финляндским Исидором († 1892 г.) и другими иерархами во епископа Старорусского, викария Новгородской епархии. Преосвященный Владимир проявлял постоянную заботу об устроении церковноприходской жизни, уделял особое внимание духовно-нравственному просвещению мирян.