Священномученик Иоанн родился 8 мая 1881 года в городе Петрикове Мозырского уезда Минской губернии в семье священника Димитрия Пашина и его супруги Надежды, дочери священника Никольской церкви в местечке Скрыгалове Василия Завитневича. Отец Димитрий скончался, когда Ивану было всего три года, и Надежда Васильевна переехала вместе с младенцем к своим родителям в Скрыгалов, и Ивану вместо отца стал дед, протоиерей Василий, которому, по-видимому, он и оказался обязан многими своими христианскими качествами.
В 1890 году Иван был отдан учиться за казенный счет в Слуцкое духовное училище, после окончания которого его в 1895 году приняли учиться за казенный счет в Минскую Духовную семинарию.
В 1901 году Иван окончил Духовную семинарию и обвенчался с девицей Антониной, дочерью купца из Вышнего Волочка Тверской губернии. 21 октября 1901 года он был рукоположен во диакона, а 22 октября — во священника к Покровской церкви села Князь-Озеро Мозырского уезда. 15 февраля 1903 года протоиерей Василий Завитневич ушел по преклонности лет за штат, и на его место настоятелем Никольской церкви был назначен отец Иоанн Пашин. Здесь он в первую очередь докончил дело, начатое дедом, — достроил часовню в память священномученика Макария, митрополита Киевского, убитого татарами в окрестности Скрыгалова в 1497 году. Часовня была освящена 1 мая 1905 года в день празднования памяти священномученика. Стараниями отца Иоанна было организовано Свято-Макарьевское Братство и открыта женская школа. 4 ноября 1907 года верующее население Скрыгалова торжественным крестным ходом встретило ковчег с частицей мощей священномученика Макария, прибывший из Киева на станцию Птичь. В следующем, 1908 году, празднование памяти священномученика собрало около десяти тысяч богомольцев — небывалое для этих мест число молящихся.
В 1909 году отец Иоанн был назначен настоятелем храма святого великомученика и Победоносца Георгия в селе Прилепы Минского уезда. В первый же год своего служения здесь он открыл одноклассную церковноприходскую школу в деревне Избицке, помещение для которой было предоставлено помещиком Н.И. Демидовым, он же взял на себя расходы по отоплению и освещению школы.