Священномученик Мефодий родился 30 июля 1868 года в селе Вятском Сарапульского уезда Вятской губернии в семье псаломщика Платона Красноперова и в крещении был наречен Михаилом. Семья жила очень скудно в материальном отношении, и Михаил с детства узнал бедность и связанные с нею лишения. Но одновременно с этим он познал и великую силу веры; здесь его первым наставником стал отец, учивший сына во всем полагаться на волю Божию, познавать близость к человеку Бога, учивший видеть, что в мире ничего не совершается без Его благого Промысла, пусть и не сразу людьми понимаемого. Михаил окончил Сарапульское духовное училище и Вятскую Духовную семинарию и в 1890 году был определен на должность надзирателя Сарапульского духовного училища.
22 октября 1891 года епископ Сарапульский Афанасий (Пархомович) рукоположил Михаила во священника к Тихвино-Богородицкой церкви в селе Паздеры Сарапульского уезда. 19 февраля 1896 года он был назначен сверхштатным священником к Вознесенскому собору в Сарапуле и заведующим и законоучителем Никольской церковноприходской школы. Во время своего служения священником отец Михаил овдовел и принял решение целиком отдать себя на служение Церкви, а для этого он прежде всего счел необходимым завершить духовное образование.
В 1898 году отец Михаил поступил в Казанскую Духовную академию. В это время ректором академии был епископ Антоний (Храповицкий); общение с этим выдающимся архипастырем, беседы его о монашестве склонили отца Михаила к решению принять иноческий постриг. 11 февраля 1900 года, когда иерей Михаил учился на третьем курсе академии, епископ Антоний постриг его в мантию и нарек ему имя Мефодий, назначив благочинным учащегося в академии духовенства. В 1902 году иеромонах Мефодий окончил Казанскую Духовную академию со степенью кандидата богословия. Тема его кандидатской работы была «Пастырь Церкви по учению святого апостола Павла»[1].